南宋漕运体系以临安(今浙江杭州)为中心作重大调整。建炎年间，江浙、湖广、四川粮大多运往沿江重镇及抗金前线，后改运临安，运数大致仍万石。诸路中，江西独居/，长江及江南河为运输主干，采取官运为主、商运为辅的方式。

元元都大都(今北京)，汴渠也因北宋末年战乱及黄河“夺淮入海”而失效，故大运河中段改南北取直，东移山东；海运兴通，漕运进入新阶段(见元代海运)。

元初漕运大致循唐宋大运河旧道入大都，但因旧运河失修，只能采取水陆联运形式。至元十八年()修凿济州河，引汶、泗水经济州(今山东济宁)西北至须城(今山东东平)安山，南来运舟由徐州经济州河入大清河，至利津(属今山东)入海，海运至直沽，再水陆联运至大都。二十六和二十八年会通河(须城安山至临清)与通惠河(通州至大都)凿成，元代大运河全线沟通。此外，至元十八年凿成纵贯胶州湾与莱州湾的胶莱河，又形成一支海河联运路线：运舟从江苏淮安顺黄河(黄河“夺淮入海”前的淮河故道)东下出海口，沿海北上人胶莱河，再经海道至直沽。

内河漕政的管理于至元十九年始趋完善，江淮都漕司负责江南至瓜州(在今江苏扬州)段，京畿都漕运司接收前司漕粮，负责中滦(今河南封丘南，黄河北岸)至大都粮运。二司各于其关键地设行司、分司，以求上下衔接，年运粮万石。元代纲运划为两大组进行：短运(军般、短般)，其中又分两段：南段由吕城(属今江苏丹阳)驻军运至瓜州，北段由汉军与新附军由瓜州运至淮安；长运，募民船承运，从瓜州起运至淮安，由淮安分司开闸放船入淮，再由中滦、济州分司派员分领纲船。官府另于运河北段地域掌握一批官船，大致是负责各所在地屯田粮的运输。

海运的最高管理机构是中书省，其“左司”下辖“粮房六科”中的“海运科”为具体办事机构，主要则由分处南北的两大组织系统承办。南方的“承运”系统最终定名为海道都漕运万户府(治平江，今江苏苏州)；北方的“接运”系统为“都漕运使司”(驻直沽河西务)与“京畿都漕运使司”(驻大都)，前者主要负责接纳海道粮，兼及其他各路南来物资，后者将南来粮物运入大都各仓。南北两大系统各拥有布局合理的粮仓。

明明代漕运发展到一个新阶段。这时征运漕粮的有南直隶、浙江、江西、湖广、河南和山东六省。漕粮又按供应地区的不同区分为南粮和北粮。其数额，宣德时最高达万石。成化八年()始规定岁运四百万石的常额。大抵自正德，嘉靖以后，连漕粮改折(约～万石)在内才勉强达到此数。主要征自南直隶和浙江，约占全国漕粮的六成。除漕粮外，还有白粮，由苏州、松江、常州、嘉兴和湖州五府供纳，岁额二十一万四千石，均系当地出产的白熟粳糯米。在用途上，漕粮为京、边(北边)军饷，白粮供宫廷、宗人府及京官禄粮。

漕运的组织与管理：在中央，初置京畿都漕运司，以漕运使主之。后废漕运使，置漕运府总兵官。景泰二年()始设漕运总督，与总兵官同理漕政。漕府领卫军十二总共十二万七千六百人，运船一万一千七百只，另遮洋总(海军)七千人，海船三百五十只，专职漕粮运输，称为运军。在地方，以府佐、院道和科道官吏及县总书等掌管本地漕事。中央户部和漕府派出专门官员主持各地军、民粮船的监兑和押运事宜。州县以下由粮长负责征收和解运。粮长下设解户和运夫，专供运役。

明初承元之故，以海运为主，河、陆兼运为辅。一由江入海，经直沽口至通州，或径往辽东；一由江入淮、黄河，自阳武县陆运至卫辉府，再由卫河运至蓟州(今天津蓟县)。江南漕运，则由江、淮运至京师南京。以承运者而言，海运为军运，余皆民运。雇运权是一种辅助形式。永乐年间因迁都北京，粮食需求日增，而海运艰阻，遂整治大运河，即从杭州湾通往北京的漕河。其办法：一是疏浚会通河，造漕船三千余只，以资转运。二是在运河沿岸淮安、徐州、临清、德州和天津五处建置漕粮仓库，亦称水次仓。

漕运方法历经改革，在明代趋于完善，计有：